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瓊脂糖凝膠電泳的常見問題有哪些?

 更新時間:2023-11-29    點擊量:571

瓊脂糖凝膠電泳是根據(jù)核酸(DNARNA)分子大小來分離和識別物質(zhì)的技術(shù)。那么你知道瓊脂糖凝膠電泳的常見問題有哪些嗎?讓我們一起來看看吧!

一、同樣大小的DNA一起跑電泳條帶不一樣大

DNA條帶不一樣大,本質(zhì)上是DNA在凝膠中的遷移率不一樣,有的跑得快,有的慢,通常情況同樣大小的DNA,遷移率是一樣的,條帶位置也會一樣。

但遷移率也受很多因素影響,例如DNA的構(gòu)象。例如環(huán)狀超螺旋結(jié)構(gòu)的DNA,和同等大小的線性DNA(例如單位點酶切后的質(zhì)粒),前者的遷移率要高,表現(xiàn)出來就是看上去超螺旋結(jié)構(gòu)的DNA分子量好像小一點。

二、加大電泳的電壓,DNA會跑得快,但有時效果卻不明顯

在較低電壓時,提高電壓,DNA的遷移率也會提高;但如果DNA分子量太大時,增加電壓后對DNA遷移率的提高其實不成比例,說白一點,就是有效果,但不明顯。

例如,當(dāng)DNA分子量大于2Kb后,施加在電泳槽兩端的電壓不應(yīng)該高于5V/cm,如果電泳槽長40cm,那么電壓不應(yīng)該高于200V

三、瓊脂糖質(zhì)量對電泳效果有多大影響

有時候,換了一個批次的瓊脂糖,或者更換了新的供應(yīng)商的瓊脂糖后,同樣的樣品進行電泳,效果也會有差異。

最常見的一個原因在于,瓊脂糖本身的質(zhì)量也是影響電泳結(jié)果的一個因素。

瓊脂糖由大量的多糖組成,這些多糖會與硫酸鹽吸附,成為一種叫硫酸化多糖的東西。在電泳時,它會產(chǎn)生正電荷,并向陰極移動,也就是和DNA移動的方向相反。

四、電泳緩沖液對電泳效果有多大影響

電泳時,電泳緩沖液是一種經(jīng)常需要更換的試劑。

最li想的狀態(tài),應(yīng)該是,使用同一批次的電泳緩沖液母液進行1X電泳緩沖液的配置和對應(yīng)檔次電泳的凝膠配置。因為只有這樣操作,才能保證整個離子緩沖環(huán)境是一致的。

另外,常見的電泳緩沖液的使用錯誤,還包括,直接倒入自來水替代電泳緩沖液,或者直接使用10X50X的母液當(dāng)緩沖液進行電泳?!?/span>

前者因為緩沖體系內(nèi)缺乏足夠的離子,造成電導(dǎo)率很低,DNA遷移速度很慢,甚至wan全不動了;而后者則因為電導(dǎo)率太高,造成整個緩沖液產(chǎn)熱太厲害,甚至連凝膠都融化了。

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